Sonic được chuyển đến thế giới của Mario vô tình. Thế giới của Mario được chia thành ba thế giới khác nhau, có ba loại quái vật sống ở đó. Ba con quái vật là những con rùa bay, đi bộ các Goomba, và con quái vật vỏ cứng. Họ đang chờ đợi để tấn công bất cứ ai rơi vào lãnh thổ của họ. Trợ giúp Sonic để khám phá thế giới của Mario và tất cả các lãnh thổ để tìm một lối thoát.