Sonic ay teleported ng sa mundo ng Mario sinasadyang. Mario sa mundo ay nahahati sa tatlong iba't-ibang mga mundo, kung saan may tatlong uri ng mga monsters na naninirahan doon. Ang tatlong monsters ang paglipad pagong, ang Goomba paglakad, at ang halimaw na hard shell. Sila ay naghihintay sa pag-atake ng sinuman na bumaba sa kanilang teritoryo. Tulong Sonic upang galugarin ang mundo ng Mario at lahat ng mga teritoryo upang makahanap ng isang paraan.