Sonic è teletrasportato al mondo di Mario accidentalmente. Mondo di Mario è diviso in tre mondi diversi, dove ci sono tre tipi di mostri che vi abitano. I tre mostri sono la tartaruga volante, il camminatore Goomba, e la conchiglia mostro duro. Stanno aspettando di attaccare qualcuno che rientra nel loro territorio. Aiuta Sonic per esplorare il mondo di Mario e tutto il territorio per trovare una via d'uscita.