Sonic on teleportataan maailmassa Mario vahingossa. Mario maailma on jaettu kolmeen eri maailmoihin, joissa on kolmenlaisia ​​hirviöitä, jotka asuvat siellä. Kolme hirviöt ovat lentävä kilpikonna, Goomba kävely ja hirviö kova kuori. He odottavat hyökätä ketään, joka kuuluu niiden alueelle. Apua Sonic tutkia maailmassa Mario ja kaikki alueen löytää ulospääsyä.