Sonic er teleporteret til en verden af Mario uheld. Mario verden er opdelt i tre forskellige verdener, hvor der er tre typer af monstre, der lever der. De tre monstre er den flyvende skildpadde, den Goomba gang, og den monster hårde skal. De venter på at angribe alle, der falder i deres område. Hjælp Sonic at udforske verden af Mario og hele det område for at finde en vej ud.