Sonic és teletransportat al món de Mario accidentalment. El món de Mario es divideix en tres mons diferents, on hi ha tres tipus de monstres que hi viuen. Els tres monstres són: la tortuga voladora, el Goomba errant i el monstre de closca dura. Ells estan esperant per atacar a qualsevol que caigui en el seu territori. Ajuda a Sonic a explorar el món de Mario i tot el territori per trobar una sortida.